尖锐湿疣表面可以是光滑的，但一般是粗糙的。一些粗糙的菜花状疣状生长物，如外阴或肛周粘膜的疣状增生性皮肤结构，怀疑是尖锐湿疣，需进行人乳头瘤病毒-DNA分型和病理检查，确定是否为尖锐湿疣。病理检查见肌细胞有空泡状细胞结构，结合疣状皮肤增生，可大致判断为尖锐湿疣。人乳头瘤病毒-DNA分型试验显示阳性试验结果，即可以判断为尖锐湿疣感染。

  此外，还可以配合皮镜、皮肤CT辅助诊断。皮镜显示疣内皮肤可见滴状的皮肤增生和血管状态。此时可以大致判断为尖锐湿疣。CT显示表皮呈乳头状瘤样增生，肌细胞可呈玫瑰花结状细胞结构状态。结合临床症状，这种状态可以判断为尖锐湿疣。另外，自我判断，如几天、几周内疣明显增多、增大，基本可以判断为尖锐湿疣。